Akomodasi di Karimunjawa berskala kecil: guesthouse dan homestay milik keluarga, pondok yang dibangun bergaya rumah joglo Jawa, segelintir hotel butik, dan beberapa resor. Tidak ada jaringan hotel internasional. Pilihan utamanya adalah antara menginap di kota Karimunjawa, tempat kapal, pasar malam, dan meja tur berada, dan menginap di luar kota — di pesisir, di perbukitan, atau di Kemujan — demi keleluasaan, pemandangan, dan keheningan.
Catatan tentang daftar di bawah ini: semuanya properti nyata yang memiliki halaman di Trip.com, dan nilainya adalah nilai dari Trip.com. Banyak hotel di pulau hanya memiliki sedikit ulasan di sana, jadi kami menampilkan nilai hanya bila ada setidaknya dua ulasan, dan menyampaikannya bila buktinya masih tipis. Pesan lebih awal untuk hari libur Indonesia, dan pilih pembatalan gratis bila bisa — kapal memang kadang dibatalkan.

